Если куплю билет Москва-Бангкок-Самуи, нормально будет? Где карантин проходить — в Бангкоке или на Самуи?

Зависит от того, какой билет возьмёте. У Аэрофлота, например, есть рейс по программе песочница, и тогда карантин на Самуи. Может, и у других авиакомпаний похожие рейсы есть.