Вопросов не возникнет, если в Тай прилетим с багажом, а обратно в Куала-Лумпур без багажа?

Да вряд ли, багаж ведь можно и при регистрации докупить

скорее всего к вам вообще вопросов не будет, а билет можно и потом взять если попросят, но сейчас есть сервисы, которые брони делают без покупки, почитайте