После окончания 3-месячной электронной визы во Вьетнам дают 45 дней безвиза или так не прокатывает?

Не. Так это не работает)

Придется выехать и либо получить штамп на 45 дней безвизового режима, либо оформить новую визу

Выезжаете и обратно по безвизу на 45 дней, или перед выездом делайте е-визу на 90 дней