В январе три недели провёл на Пхукете. Затем на месяц улетал в Москву и вернулся. В паспорте отметка 45 дней. Получится ли сделать бордер-ран после того, как эти 45 дней закончатся?

Сможете, но лучше сделать это до того, как 45 дней истекут.

Зависит от даты. Если начало апреля, то лучше 31 марта сделать и тогда точно снова получите 45 дней. Если же середина марта, то можно спокойно за 1-2 дня до окончания.