Чемодан S и рюкзак — в ручную кладь только что-то одно можно в самолёт? Или маленький рюкзак не идёт за ручную кладь?

Тут от авиакомпании зависит. Где-то за каждый лишний грамм сдерут, где-то и вторую ручную кладь пропустят. Но в целом по правилам оно должно быть одно. Второе только если это животное в салон — его рюкзак или переноска за ручную кладь не считаются, раз за его билет деньги взяли.