Как быть в такой ситуации? Оформили е-визу, один платеж прошел, по второму пришло уведомление, что не прошел, а деньги списались. Поддержка не отвечает.

Выходит, письмо со ссылкой на вторую визу не приходило? Обычно банки по валютным операциям не сразу списывают средства, а только замораживают их. Если есть возможность, попробуйте оспорить транзакцию в банке, также можно написать в поддержку банка.