если дважды за этот год катался на бордер-ран в Малайзию, можно ли третий сделать в сторону Камбоджи из Бангкока? Или за год только 2 бордер-рана разрешено, без разницы воздух или земля и куда именно?

Вообще считают именно въезды на территорию страны. На сайте МИДа говорится про 2 въезда. Просто где-то границу обратно пройти проще, а где-то вопросы задают. Всё зависит от настроения пограничника или от возможностей помогатора.