если в е-визе указал один пункт границы для въезда, а по факту вышло через другой — это критично?

Вроде критично, сам пока не сталкивался. На выезд пофиг, а при въезде уже имеет значение.

Если погранпереход принимает е-визу, то ничего страшного, обычно ставят. Если не работает с е-визой, то её вам не поставят.