Если на чартер из пакетного тура опоздали, можно ли улететь обычным регулярным рейсом, чтобы условно чартерный билет не пропал?

Надо обратиться к туроператору, в такой ситуации они могут запросить разрешение.

Летите сами, не тратьте время. Если страховка от невыезда есть, то деньги вернут.

Попробуйте отправить заявление на почту компании, вам сейчас нужен сам факт обращения, несмотря на выходные, изложите ситуацию и напишите информационное письмо с уведомлением об использовании обратного рейса)

Обязательно предупредите оператора. У них есть дежурный, неважно, что выходные. Если всё сделаете вовремя, всё будет хорошо и ничего не сгорит.