если прилетишь на Пхукет регулярным, то на чартере уже не вылетишь?

Вылететь можно. Только желательно разрешёние на это получить.

Исключение составляют АК Россия и Туркменистан авиалинии. Если ты влетишь регуляркой или любым чартером, то сможешь вылететь чартером этих двух АК(проверено АК Россия 100%, вторая только слухи).