Оверстей визы на 1-2 дня: какие последствия и дадут ли потом милитари визу?

По-моему, визаран со штрафом, а потом уже пробовать продлить.

Я бы для начала пошел в миграционную и написал на 5 на продление, сказав офицеру про оверстей. В лучшем раскладе штраф и без выезда. В среднем — выпишут выездную визу после оплаты официального штрафа. В худшем — заставят уехать, оплатив просрочку прямо в аэропорту.