Если сертификат действует до начала сентября, посадят ли на рейс в Таиланд через 16 дней после его окончания? Или лучше страховаться и делать свежий ПЦР?

Посадят, не надо ничего делать.

Не посадят , с 04.09 у Вас нет сертификата о вакцинации В срок до 03.09 сделайте одну дозу Спутник v - сертификат мгновенно продлится на год.