При стыковочном рейсе с пересадкой в Шардже, какой номер рейса лучше указать - оба или только тот, что из Шарджи в Бангкок?

А выходили из транзитной зоны в Шардже?

Пишете номер того рейса, которым прибываете в Бангкок. Не имеет значения, летите вы напрямую или с пересадкой.