Если виза на 90 дней в Таиланде заканчивается после 30.04.24, то оставшиеся дни после этой даты будут недействительны?

Не виза, а штамп. Это разные вещи.

Если вам ставят штамп 29.04 на 90 дней, то все 90 дней будут действительны) Штамп будет на 3 месяца. При условии, что ставят штамп на 90 дней.