Если самому улететь в Куала-Лумпур, переночевать в отеле там и вернуться на Пхукет, новый штамп поставят?

Ага.

Должны поставить. Мы в тот же день обратно прилетели, поставили.

Поставят, знаю человека, который даже из аэропорта КЛ не выходил и через два часа обратно на Пхукет улетел, всё нормально было.