если я хочу ТR сделать в Куала-Лумпуре, должен ли я лететь в Таиланд из Малайзии? У нас сейчас получается так, что мы в Тай прилетаем из Сингапура, это ок для подачи визы?

Без разницы откуда прилетите.

Без разницы откуда вы прилетите в Таиланд. Единственный момент, что могут еще дополнительно попросить показать билеты из Куала-Лумпура в Сингапур.