Если в е-визе напишу Хошимин (так как там приземляюсь), но жить буду в Ханое, продлевать визу потом тоже в Хошимине надо или всё равно?

По-моему, разницы нет, где вы приземлились, так как место въезда в документах для продления визы не указывается. Но нужно быть зарегистрированным в том городе, где будете делать новую 3-месячную визу.