Если лететь внутренними рейсами (Пхукет - Бангкок), могут ли возникнуть вопросы по количеству бордерранов?

Нет.

Да вообще нет, там визы не проверяют, погранцов нет, ну и если оверстея нет, то 100% проблем и вопросов не будет)