если обновить айфон, приложение сбера перестанет работать? И что исчезает из российских приложений?

Тут смотря как обновляешь. если версию по, то всё пашет. а если трубу меняешь, то придётся чуток пошаманить, чтобы всё сохранилось.

Лучше вообще не обновлять. Поставь рустор, сбер сейчас как Сбол можно найти.

AppStore по региону. Что доступно в ру, того нет в тае или других странах. Обновление ПО и маркетплейс — это разные вещи, не связанные.