Когда оформляешь визу Вьетнама на 3 месяца, там указываешь точку въезда и точку выезда, если потом улетать с другого аэропорта, что будет?

Ничего не будет)

Важно чтобы влетев по evisa, вы улетали через любой пункт который работает с evisa, иначе не выпустят Из того списка что можно указать в заявке.