Кто летел из Таиланда через Дубай ( компания Flydubai) в Москву? Если 1 и та же компания, то придется ли получать и сдавать багаж? Пересадка 2 часа, успеем ли с детьми?

Если билет единый, то не придется. Если вы покупали отдельно на каждый сегмент - придется.

Лучше брать с пересадкой 2,4, или 6 часов? Одна и та же компания.

Если одна и та же компания, то багаж летит до конечной. Как вариант при сдаче багажа уточните на регистрации чтобы не думать.