Кто знает, в миграционке можно оплатить оверстэй, или только в аэропорту можно ?

Если небольшой срок миграшка отправляет платить в аэропорт. Если большой, то лучше и дешевле в миграшке оплатить.

Можно и там и там, но в ваших интересах в миграшке.