Летим туром чартером на Пхукет. Хотели бы сами слетать в Малайзию регуляркой. Не догоняем. Так можно или нет? Или если влетел чартером — то и вылетать только чартером?

Летите и не парьтесь.

Если прилетели в Тайланд чартером, то улететь можно или регулярным рейсом, или чартером той же авиакомпании, которой прилетели. В вашем случае — можно. Но на обратном пути улететь чартером уже не выйдет, потому что влетали регулярным (без разрешения DCA, а оно стоит 50-60$)