Может кто знает, если при оформлении е-визы указали один аэропорт вылета, а по факту планируем вылетать через другой, будут какие-то проблемы/штрафы?

Нет.

Если аэропорт работает с системой е-виз, то да.(этот список есть на сайте, где виза оформляется). Если аэропорт не работает с евизой, напр. Далат, то вас не пустят на рейс.