Можно ли использовать второй загран для поездок внутри Тайланда? Если первый по которому въехал находится в иммиграшке.

Почему нет? С точки зрения Тайланда как государства второй загран = другой человек.

А зачем вам загран для поездок внутри? если только для авиаперелёта понадобится) в целом - можно:)

В теории при перелёте офицер имигрейшн может посмотреть печать о въезде или визу , а если ее не будет во втором загране попросит предъявить первый и доказать законность перебываете в стране .