а можно ли по второму паспорту летать внутри Вьетнама? то есть паспорт со штампами иммиграционными, а полететь с чистым паспортом (в котором нет отметок, что я в страну прилетела)

Могут возникнуть вопросы, каким образом вы вообще въехали.

Летают) и без всяких вопросов.

Вообще не вижу тут никаких нарушений и проблем. На внутренних рейсах миграционного контроля ведь нет, паспорт глянут только чтобы с билетом совпадал. С какой стати им печати разыскивать.

Зависит от того, куда летишь. Я летал на Фукуок из Нячанга. При вылете с Фукуока паспорт смотрели и штамп искали. Но это, скорее, только Фукуока касается — из-за визы на 30 дней и запрета на выезд на материк после 15.