Если прилететь в Таиланд, можно ли попросить поставить штамп не в тот паспорт, по которому брались билеты (он заканчивается), а в новый чистый паспорт, если планируем оформлять студенческую визу?

Оба паспорта, разумеется, принадлежат одному человеку, никакие личные данные не менялись.