Можно ли вылететь из Таиланда по второму загранпаспорту, если в страну въезжал по другому?

Нет) надо по тому же паспорту, в котором отметки о въезде и выезде.

Если "старый" паспорт у Вас на руках, проблем быть не должно. У нас случай был "наоборот", т. е. из Таиланда в РФ по "старому", а обратно из РФ в Таиланд уже по "новому".