Можно ли выехать из Таиланда по второму загранпаспорту, если въезд был по другому заграннику?

Нет) нужно по одному паспорту, где стоят отметки о въезде и выезде.

Если у Вас "на руках старый" паспорт, не должно быть проблем. У нас была "обратная" ситуация, т. е. в РФ из Таиланда по "старому", обратно из РФ в Таиланд по "новому".