Забронировала отель на Фукуоке через Букинг с оплатой на месте, а сейчас они требуют небольшую предоплату, чтобы подтвердить бронь. Это на острове в порядке вещей или рискованно платить?

Везде так делают

И кто именно просит? Вроде на Букинге либо сразу пишут, что нужна оплата, либо просто надо картой подтвердить.

Не платите. Если бы им нужна была предоплата, они бы на Букинге в условиях её прописали — списание в конкретный день до заезда, полная оплата сразу и т.п.