Подскажите, какой процент берут с виза карты при снятии налички в Фукуоке? И при оплате в кафе, ресторанах, супермаркетах тоже процент снимается?

Если такая комиссия есть, она прописана в тарифах твоего банка. Местные банкоматы могут брать небольшую фиксированную комиссию примерно 1$ за снятие, но есть банкоматы и без этой комиссии.