Нашли единый билет Мск-Пхукет с пересадкой в Абу-Даби. Могут ли быть трудности при пересадке, или никакой дополнительной суеты не надо?

Все норм. На пересадке вы остаётесь в чистой зоне Абу-Даби. Я так через Дубаи летел. Главное скажите на регистрации, чтоб багаж до конечной точки летел.

Смотрите правила страны транзитной. Иногда есть требования ПЦР за 48 часов у некоторых стран. А так в целом без разницы транзит или нет.