Заполняю е-визу. Ребёнку 2 года, загранпаспорт есть — на него визу тоже отдельно оформлять?

Отдельно. Виза на каждый паспорт своя.

Если загран свой отдельный — то и виза отдельно. Если вписан в паспорт — тогда вписывать в визу.