С паспортом РФ с Пхукета в Куала-Лумпур на 48 часов — реально? Проблемы с визой на обратном въезде будут?

Да можно. Только для въезда в Малайзию надо MDAC электронную карту прибытия заполнить

Вечер добрый. Летите. Никаких проблем. Я не раз так летал.