Собираемся лететь с Пхукета в Москву. Но на авиасейлс прямые билеты кусаются. Нашла вариант подешевле.

Можно, если билет в одну сторону, с туда-обратно лучше не рисковать так, либо детально изучать правила авиакомпании на случай неявки на первый сегмент.

Так - можно. Если у вас один перелёт. Ни в какой список вы не попадёте, ничего не будет. А вот если, например, вы взяли бы билеты екб-мск-пхукет и попробовали бы сесть в мск, они бы аннулировались.