почему если я смотрю билеты в агрегаторах, показывает одну цену за перелёт с одной пересадкой, а открываю эти рейсы напрямую у двух авиакомпаний - цена намного больше?

Потому что в агрегаторах конкурентная среда, представлены перелеты разными авиакомпаниями. Авиакомпании важно сделать цену ниже. А на сайте авиакомпании цен конкурентов нет... Но это лично моя теория)