Подскажите , если через букинг забронировали отель без возможности отмены и бронь подтвердили с картой Газпром Юнион пей, букинг сможет списать деньги ?

Списывает объект размещения. Обычно при отмене, есть два варианта, отменить и заплатить полную стоимость и отменить без "штрафа". Попробуйте договориться, чтобы не списывали ничего. Либо удалите карту из букинга, в теории получится