Если мы прилетели в Бангкок обычным рейсом, а потом добрались до Пхукета на автобусе, то из Пхукета мы улетим тоже обычным рейсом?

Совсем не важно.

Да вообще без разницы, если прилетели регулярным рейсом, то вылететь из страны можно из любого аэропорта или уехать через любой погранпереход.

Место вообще не играет роли. Тем более с регуляркой. Вот если один из сегментов чартер — тогда да, проблема.