Подскажите, если пенсионную визу получить в Банкоке, а потом переехать на Пхукет, будут проблемы? Там отмечаться надо, надо в Банкок будет ездить отмечаться?

Пенсионная, как и другие визы, делается не на город а на страну. Живите, где хотите. Отмечаться каждые 90 дней можно в любой эмиграшке, но гораздо удобней это делать онлайн.