Подскажите, если прилетаем на Пхукет? Как до Самуи лучше добраться оттуда? Индивидуальный трансфер заказывать?

Лучше самолётом. По земле — это автобус или такси, потом паром. И где-то переночевать.

Можно сразу по прилёту на Пхукет поехать в Краби на пару ночей, а уже оттуда организованным трансфером — автобус плюс паром — на Самуи.