Подскажите, если с Пхукета в Куала-Лумпур на рейс Эйр Азия проблемы с электронной онлайн регистрацией, потом в аэропорту можно будет зарегистрироваться?

Можно. Правда у Эйрэйжи - платная регистрация на стойке, но если электронная регистрация не дается с ошибкой (их 2, ошибки, я обе "словил"), то можно показать сие на стойке и пройти бесплатно.