Подскажите, если штамп пребывания в Таиланде до 4 июня, вылет 4 июня с Пхукета с пересадкой в Бангкоке и получается, что время когда покидаю тайланд 5 июня 2: 25, будет ли штраф за оверстей?

Если только регистрацию пройти пораньше)

Если это перелет в рамках одной авиакомпании или партнёрской, которая регистрирует вас сразу на все сегменты перелета, то иммиграшку вы пройдете 4го на Пхукете и в Бангкоке будете уже в транзитной зоне. Если из BKK билет другой авиакомпании, то пройдите регистрацию до 00: 00 и будет без штрафа и штампа оверстей.