Подскажите. У меня есть билет Аэрофлота Шри-Ланка — Москва, если я отдельно докуплю билет до Шри-Ланки с Пхукета, смогу ли пересесть на рейс в Москву, учитывая, что билет не единый?

Не очень ясно, что ты имеешь в виду под "пересесть". И с Пхукета до Шри-Ланки вроде прямых рейсов нет. Только через Бангкок. А так — прилетаешь на Шри-Ланку заранее до вылета твоего рейса в Москву. И потом летишь как обычно.