Подскажите если закончилась виза Вьетнама на 90 дней, можно въехать по штампу на 45, не будет проблем на границе?

Можно. Но только в том случае если вы не нарушили условия пребывания по визе. Если вы превысили время пребывания по визе то безвиз вам могут не позволить.