Подскажите, как выезжать/заезжать по визе 3 месяца без штампа в паспорт? Если на автобусе выезжать будут ставить штамп? Это можно как-то обойти или нет?

При пересечении границы в любом случае отметка будет в паспорте (кроме варианта с нелегальным пересечением границы)

Ну.. очевидный вариант использовать другой паспорт. Если он есть