На Аэрофлоте получится из Таиланда в Россию привезти корзину фруктов 5 кг и дополнительно 1-2 кг в рюкзаке? Или всё же лимит 5 кг суммарно?

Да можно, рюкзак вообще не проверяют по весу

Тут дело не в авиакомпании, а в том, будет ли фитосанитарный контроль по прилёту. Если рейд — то не повезло. 5 кг на человека, и всё.