На Пхи Пхи лучше своим ходом или с экскурсией?

Самостоятельно лучше.

По большей части зависит от того, насколько у вас прокачан навык организовывать поездки самому. Купить билеты на паром и забронировать отель - это в целом несложно сделать через интернет. И ни от кого не зависишь. А если это тяжело - тогда лучше экскурсия - там все сделают