Подскажите пожалуйста чем лучше нынче лететь из Москвы на Пхукет - Singapore Airlines или Qatar Airways?

Разница может быть только в цене и длительности пересадки .

Без разницы) зависит от ваших предпочтений: пересадка, цена, название компании, время прилёта/вылета.