Подскажите пожалуйста, если арендовать лодку, то можно самим доплыть на Пхи-Пхи до бухты Мая Бэй?

Да можно

Лучше не рисковать. Плыть достаточно далеко и не безопасно.

Между островами серьезные волны, ветер и плыть далеко, плюс серьезный трафик лодок/катеров/паромов. Так что я бы не советовал там плавать, если вы не экстремал и не подготовлены.