Подскажите, пожалуйста, если прилетаешь во Вьетнам регулярным рейсом, а обратно чартером - могут возникнуть проблемы при вылете обратно?

Никаких проблем. Без разницы чем прилетели, чем улетели. Про Таиланд, Египет и им подобные знаю, тут такого нет

Более того, вы можете не обратно улететь,а в любом направлении. Только чтобы до конца срока визы.