Если прилетаю на Пхукет поздней ночью, до Самуи только на следующий день получится добраться?

Ага) Зануй рядом с аэропортом Пхукета. Там в минутах 5 куча отелей )

Зависит от транспорта. Если такси, то как раз к первому парому в Донсак успеете. Может выйти примерно столько же, сколько потратили бы на ночёвку и еду.